#!/bin/bash -euo pipefail
nipt_call_variants.py \
--bam 52941-ND0952_fetal.dedup.bam \
--ref Homo_sapiens_assembly38.fasta \
--output 52941-ND0952_fetal_shard_0007.vcf \
--sample-name 52941-ND0952_fetal \
--ff 1.0 \
--min-depth 300 \
--min-mapq 20 \
--min-alt-count 1 \
--min-alt-frac 0.01 \
--min-gq 5 \
--max-strand-bias 0.9 \
--default-af 0.5 \
--graph-score-min -5.5 \
--gnomad gnomad_af.tsv.gz \
--bed shard_0007.bed \
--parallel --n-workers 32 \
--no-qc \
--extract-posteriors \
\
--assembly \
\